İlçemiz, Boyabat İlçesine bağlı Bucak iken 20 Mayıs 1990 tarih ve 20523 sayılı Resmi Gazete’de yayınlanan 3644 sayılı Kanunla kurulmuştur.
Kaymakamlık 26 Temmuz 1990 tarihinde kiralık bir binada fiilen hizmet vermeye başlamıştır. Bucak Merkezi iken Kızıloğlan adı 1954 yılında köy muhtarı Mehmet COŞAR’ ın köy isminin “SARAYDÜZÜ” olarak değiştirilmesi teklifi üzerine isim değişikliğine uğramıştır. İlçe merkezinin bulunduğu yerleşim yerinin tarihi çok eskilere dayanmaktadır.
Bizanslılardan Türk Beyliklerine geçmiştir. İlçemiz köylerinde çeşitli dönemlere ait cami, çeşmeler ile Osmanlı dönemine ait sanatsal açıdan zengin görünümlere sahip, işleme ve oymalarla süslenmiş pencere, kapı ve balkonları ile ilgili çeken tarihi evler bulunmaktadır.
Bugüne kadar sırasıyla şu yönetimler altında kalmıştır.

1- Gaşkalar: M.Ö. 1400-1300 yılları.
2- Hititler: M.Ö. 1330-1100 yılları
3- Pafloganlar: M.Ö. 1100-700 yılları
4- Lityalılar: 546 yılı
5- İranlılar: 377 yılı
6- Pontuslular: 183 yılı
7- Romalılar: M.Ö. 64-  M.S. 355
8- Bizanslılar: M.S. 395-1126

Halk arasında anlatılanlara göre İlçenin bulunduğu yerin güney yamaçlarında bir Saray kalıntısının bulunduğu ve kimler tarafından yapıldığı bilinmemektedir. Kızıloğlan ve Saraydüzü adlarının kaynakları tespit edilememiştir.
Saraydüzü 260 Km2.lik bir alanı kaplamaktadır. Denizden yüksekliği ise 305 M.dir. İlçenin daha yüksek rakıma sahip köyleride vardır. Sınırları; Doğuda Vezirköprü – Durağan, Batıda ve Kuzeyde Boyabat, Güneyde ise Kargı ve Osmancık İlçeleri İle çevrilidir. Yüksek tepeler ve dağlar kısmen ormanlık, kısmen fundalık ve büyük bir kısmı çıplaktır. İç Anadolu iklimi özelliği görülür. Yılın 80 günü yağışlı olup, metrekareye 360-400 Kg. Yağış düşmektedir.